野心家白赖仁（李子雄 饰）为了实现控制人类的梦想，派出手下甲贺忍者领袖虎大介追杀菊池博士，成功抢走了他身上的赤盒——一个保藏着菊池发现，可以抵当任何病毒的药苗人类之小盒子！ 菊池死后，白赖仁才发现世上只有一个叫高比（黄子华 饰）的潦倒音乐家才拥有打开赤盒之能力，遂派虎大介生擒高比，另一方面，菊池徒弟伊贺女忍者香也发誓要完成师傅遗愿---杀高比，而另一边，伊贺派芭蕉先生却派爱徒小灵（黄圣依 饰）呵护高比，免落入坏人手上。 三路人马碰头，展开龙争虎斗，高比夹在傍边，叫苦不已。最后小灵趁着虎大介对香手下留情的刹那机会，带着二人杀出重围，逃回雾隐村。本来香和虎大介是青梅竹马恋人，碍于门派斗争，有情人难成眷属。香唯有暂在芭蕉家养伤。 芭蕉决定冒险潜入白赖仁总部盗取赤盒，谁猜中了反间之计，干连村民惨遭大奋斗，最后死在虎大介手上。功效高比挺身而出，大叫若不竭止杀人，便自刎当场。高比被押回白赖仁总部，竟无意中以一曲将赤盒成功打开，本来当日菊池被此曲吸引，遂以此作为钥匙。 小灵、香杀进白赖仁总部，一场激战之后，尽杀白赖仁及其翅膀，救出高档到夺回赤盒，而二女也运用易容术互调身份之苦肉计，令虎大介上当---当他惊觉伤在本身手上的竟是香时，即被香以残剩之最后一口气用刀刺入本身身体……但香眼中亦同时流下两行情泪……
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