在代欧奇希斯（以下代欧）变成防御型态与裂空坐持续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大师告急出亡。市民们听到广播后便惊慌分散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播持续呼吁公众这并非演习，而小超则在逃窜中的人群傍边，百思不解为何代欧还活着。当小超在出亡时遇见一只难过的正电拍拍。小超一看到神奇宝物顿时吓坏了，但听到它的求救声便镇静下来。本来它的同伴负电拍拍被陷进垃圾桶里无法挣脱，小超决定辅佐。当他打开垃圾桶盖时，忽然负电拍拍迫不及待地冲出来！小超又吓坏了，不由自主地想要逃离现场，这时忽然小卡比兽也从垃圾桶冒出来！可怜的小超就这么昏过去了。之后小智赶来发现不省人事的小超，便用尽方式想把小超叫醒。小超复苏后却不高兴地嫌小智多管闲事（布景的小卡比兽则捡着垃圾吃）。此时小遥、小刚、正太、阿隆、一位女性和两位双胞胎女生也赶到，而小智正催促小超赶忙避祸。但小超还来不及动作，忽然一束死光射到他们附近的地面，把大师吓得魂飞魄散！大师惊魂甫按时，小超奉告有个处所可以躲难，一行人便跟了过去。小超带大师来到他之前去的玻璃温室植物园。当小超对植物园的入口读卡机刷卡时，发现读卡机故障，门打不开了。正太自告奋勇地用双手奋力把门扳开。当大师为正太喝彩时，阿隆盯着小智看，轻蔑地说小智怎么还待在拉鲁斯市里，以为他惨败后早该羞愧地回老家了。小智生气地说要再跟他比一场，小遥只得劝架说此刻不是时机，但这时一旁的两位双胞胎女生加油添醋地说她们的哥哥毫不会输给小智。小智质问她们是谁，而那位女性解释那两位小女生是正太的妹妹们，オオドリ（暂：大鸟）和キャサリン（暂：凯萨琳）。女性则自我介绍是ヒトミ（暂：小瞳）。接下来我们都知道小刚会做出什么反映啦，而小胜也立刻拉走小刚的耳朵。之后阿隆问大师该如何在植物园里打发时间，而小瞳则拿出笔记型电脑开始查询那只DNA神奇宝物的资料。但出乎她意料之外并没有任何代欧的资料，正太则催促她继续测验考试（布景的小卡比兽正在睡觉）。此时小智询问一脸哀伤的小超怎么了，而在其他人的关切下，小超开始诉说他四年前的经历。小超仰望着还在激战的两只神奇宝物，在大师（除了小卡比兽）的全神灌注贯注下，说代欧是从宇宙来的。四年前一颗陨石击中地表，而从陨石中，迸出那只被伦多博士定名为“代欧奇希斯”的神奇宝物。由于它侵犯了裂空坐的大气层规模，于是大激战开始。裂空坐的粉碎死光之后准准地轰碎代欧奇希斯，成为零星碎片。阿隆对小超的故事怀疑并嗤之以鼻，而正太也叫小超别把他们当小孩骗，并反问为何代欧此刻还活着？小超只能回答他不知道。此时在温室植物园上空，代欧开始复制本身的“影子代欧”分身。分身群一看到四处躲藏的惊慌市民，居然就开始冲下来，掳走市民到不知名的处所去了！在植物园中小智他们仍藉着小瞳的电脑收听广播。记者播报此刻拉鲁斯市被?\罩在代欧所形成的透明罩里无法对外通行，而且影子代欧们群仍不竭地掳走人们。小瞳关掉电脑，正太则担忧被困在这里。在窗外的影子代欧群不时地逼近，把大鸟和凯萨琳吓哭了。忽然一只分身打破玻璃屋顶进来，小超看到赶紧叫大师赶忙跑，但影子代欧却已经冲下来了！正太叫出水箭龟用高压帮浦，却对影子代欧无效。就在正太纳 闷为何无效的时候，从背后另一只影子代欧偷袭正太和水箭龟，从屋顶破洞把他们掳走了！阿隆生气地叫出火焰鸡使出火焰飞踢，小智叫皮卡丘用十万伏特，小瞳叫出巨金怪用彗星拳，双胞胎叫出溜溜糖球和雨翅蛾用泡沫光线。这些神奇宝物在对于影子代欧群时，小智叫大师赶忙逃走，阿隆则问小超是否知道告急出口在哪。俄然小刚发现他的宝物球无法打开了，其他人也惊觉他们的也不行。影子代欧又杀出重围逼近小超，害他只好继续逃躲。阿隆叫火焰鸡攻击影子代欧，并叫大师别管他而先行逃离。阿隆请小遥赐顾帮衬好他的两个妹妹，但小遥不想丢下阿隆不管。此时小刚正着急地想叫醒小卡比兽（居然到这节骨眼还在睡），而火焰鸡持续使出上勾拳迟延时间，让小遥她们有时间跑到出口。小遥叫正在战斗的小智他们赶忙跑过来，但小智他们还是叮咛小遥她们先行分开。忽然，小卡比兽打了大大的呵欠，同时嘴里冒出白光照射整个温室，居然把所有影子代欧给光分化了！小智他们便乘隙跑向出口分开。此时在伦多博士的研究尝试室里，伦多博士不省人事地躺平。助手春野手持电击棒，嘴里假惺惺地感谢感动伦多博士的努力带给他不少的便利，忘我地盯着水晶球体，幻想本身能如何地从中获得暴利和权势并掀起神奇宝物界的大革命。这时忽然有人敲门把春野吓了一跳。本来外面是小超和一行人，小超则对一行人解释尝试室是建造在植物园的底下。春野这时开门让大师进去，但尝试室里都不见伦多博士的人影。小超问春野父亲的下落，春野骗说伦多博士已经出门找他了。小超担忧外面那么危险爸爸会不会有事，春野则叫小超不要穷担忧。小智筹算出去寻找博士，但阿隆则叫小智不要贸然步履造成大师的担忧。一群人便待在一起等伦多博士回来。已经晚上了，却仍不见伦多博士的踪影。大鸟和凯萨琳一直喊累喊饿，阿隆只好哄她们安静再等一下。此时小卡比兽手拿着三明治走向大鸟和凯萨琳，那对双胞胎以为这只好心的神奇宝物带给她们食物，却看到小卡比兽当面把三明治吞掉了！两个女生顿时大哭，小智则决定要出外找食物。阿隆仍是提醒小智外面的危险，但此次小智毅然地跑出去，阿隆和其他人只好尾随。在外头可看到影子代欧四处飘移，如同在巡逻一般。小智他们放低姿态以免被发现，并一起计画找寻食物高文战。当影子代欧暂时分开后大伙便分头行进，而小智、皮卡丘和小刚找到了一台热狗贩卖机，但电源堵截了。小智叫皮卡丘使出十万伏特，那台电动贩卖机便一边启动一边播放音乐，热狗不竭地掉出来，小刚他们就尽可能地抓了一大把。忽然，小刚把小智压在地上，并叫他不要出声，本来头顶上飘着一群影子代欧。小智他们躲在贩卖机后面，但机器的音乐却还在播放！影子代欧听到音乐后往贩卖机逼近，小智他们则吓得以为死定了。忽然小超和正、负电拍拍从另一头走出来，完全不知道影子代欧的存在。分身们立刻冲向小超，但正、负电拍拍联合用了电击绝招呵护小超。这时，一只影子代欧倏地攫住负电拍拍和小超！小智便奋不顾身地抓住那只分身并猛咬它的一只手臂，小超便挣脱成功了。小智问小超是否安然无恙，皮卡丘则持续攻击其他分身。但为数实在太多了，小智叫大师赶忙逃离，但小超仍担忧负电拍拍的安全。小刚呼吁他们自身的安全更重要，于是他们便逃离现场了。他们来到一间开着窗户的建筑物，于是便爬进窗户躲藏。影子代欧群飞掠过来，幸好没有发现小智他们的踪迹。在稍微喘息后，小超发现正电拍拍为它的同伴难过，便试着抚摸抚慰正电拍拍，却因为幼年创伤的身体排斥反映让他无法这么做，只好对正电拍拍报歉。此时皮卡丘在这栋建筑里找到一瓶水，让大师表情好了起来。之后大师费了一番力气回到尝试室，并一面吃着热狗一面称赞多好吃。此时阿隆指着小瞳的电脑广播，告诉小智那些被影子代欧掳走的人们（包罗火箭队…和可达鸭）都被带到不知名的处所。小刚对那个特定处所感应奇怪，这时忽然听到伦多博士的声音！本来他从柜子里昏沈地爬出来，显然不知道本身被电昏的工作。博士说代欧正在找它的伴侣，并问大师春野在哪里。大师说春野出去了，博士环顾四周发现水晶球体不见了。小超问父亲那是什么，伦多博士则回答，那球体是代欧奇希斯的另一部份身体。之后博士透露本来那球体就是让代欧再生、复制的关头！小胜奉告春野带着球体分开了，阿隆则猜测本来代欧就是为了找回这球体才返回攻击大师的。忽然，之前在植物园里的神秘光线又呈此刻小超面前和他“谈话”。小超向大师介绍这是他在植物园认识的伴侣，之后那光线形成另一只代欧奇希斯的身影。小超告诉父亲或许水晶球体还有朝气，便冲出去寻找，后面跟着其他人。此时在拉鲁斯市的偏僻处，春野带着一只箱子疯狂地跑。忽然从两只神宝的战斗中射来一束死光，在附近的地面爆炸让春野掉去重心并摔倒箱子滚出水晶球体。爆炸引发的碎石开始落向春野，而这伦多博士的助手就被掩埋了。在天空中的两只神奇宝物也没闲着，裂空坐开始用身体紧缠代欧，让代欧寸步难移。小超后头跟着其他人，藉由那个光线的带领下继续向前跑。小超此刻了解为何代欧奇希斯不想要孤傲，并感同身受地决定要成为代欧的伴侣。其他人也决定辅佐小超停息裂空坐与代欧之争。此时春野挣脱瓦砾堆，一边咒骂水晶球体带来他的麻烦。春野这时猜疑地找寻水晶球体的下落，但立刻信誓旦旦地自信必然能很快找到。他拿出遥控器按了钮，激发不远处的水晶球体射出强光。在天空中，被裂空坐缠住的代欧往下看到晶体，脸上顿时露出愤慨的表情。回到地上，引导小超的光线正往水晶球体发出的强光接近，小智则兴高采烈地说找到了。阿隆感受奇怪为何水晶球体会发出强光，大师便蹲下来端详。此时春野呈现说水晶球体是他的，并伸手筹备拿的时候，一群影子代欧过来把春野包抄住了。阿隆认为它们也是要来拿水晶球体，此时小智决定，此次要辅佐春野…！结局真是完全没想到！我感受还是挺出色的，固然没有第一部的剧情出色，但是最后艾尔玛疯了一般的面对对她恨之入骨的人们，她看的倒是另一种为她欢呼雀跃的场景，这也能理解了一些心理反常的连环杀手面对人群还是很高兴的笑着完全没有悔改之心。全剧三不雅观独一正常的只有她女儿和女婿了。