继续延续上一季的剧情，本来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗当局高层，以潜入一个“作为一个普通FBI出格捕快不应进入的处所”搜集需要的资料。本季成长越来越出色，一些没有被完全革新的混血外星人联合起来抵当殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但本年却呈现了她的孩子——艾蜜莉。本年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。此外本年也有一集喜剧。整出X档案为了共同电影的上映，插手了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的底细。穆德前女友的呈现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于抽烟人烧毁了所有X档案卷宗抱着想见你的滤镜来看，发现想见你近期还是难以超越的啊。设定预想很好，但这种设定的细节更需要考量，很多处所感受设置的不够合理。 只能说可以不带脑子看，当一个校园剧看还行。但是男主苏感又不够，女主难道不是李青桐copy过来的呢。